请问：独栋烟花爆竹批发仓库已采取分隔防护措施，相互之间不会引起同时爆炸或燃烧，在重大危险源辨识中，是否可以分别计算药量，取其最大值作为辨识指标？

不可以。依据《烟花爆竹重大危险源辨识》第4.3条规定，每栋独立的烟花爆竹成品仓库划分为一个储存单元。