《煤炭法》和《煤炭生产许可证管理办法》授权煤炭管理部门负责煤炭生产许可证颁发管理工作，其背景主要是为了加强煤炭行业管理，赋予煤炭管理部门必要的行业管理手段。当时的各级煤炭管理部门负责行业管理但未完全实行政企分开，既管生产又管安全。因为煤炭生产许可主要是为解决小煤矿非法开办、乱采滥挖、严重破坏煤炭资源的问题而设定的，所以有关法律、行政法规对煤矿企业主要是规范其生产条件，安全条件很少并且比较原则。煤炭生产许可制度实施十年来，在建立正常的煤炭生产秩序、规范煤炭安全生产等方面发挥了重要作用。但是，目前全国的煤矿安全状况和监管体制已经发生较大变化，由于两部法律、行政法规制定的年代较远，仅靠煤炭生产许可制度已经难以解决当前煤矿企业安全生产准入方面存在的突出问题，难以适应社会主义市场经济体制对安全生产的新要求。因此，对煤矿企业的安全生产监督管理也必须实行制度创新，在煤矿企业实施安全生产许可制度。
　　自2000年1月10日国家煤矿安全监察局挂牌组建以来，国家已经建立了专门负责煤矿安全监察和行政执法的三级煤矿安全监察机构，原国家煤炭工业局不复存在。2003年3月十届全国人大批准了国务院机构改革方案，撤销国家经济贸易委员会，将由其管理的国家煤矿安全监察局改为国务院直属机构。国务院将原由国家经贸委负责颁发管理煤炭生产许可证和煤炭行业管理等职责划至新组建的国家发展与改革委员会，而国家发改委的“三定方案”中却没有煤矿安全生产监督管理的职责。国家考虑到煤炭生产许可制度及其规定的安全条件已经不能满足严格安全生产准入的需要，应当加强对煤矿安全生产条件的规范，强化煤矿安全监察机构的监督管理手段，决定依法另设安全生产许可制度。这就是说，对煤矿企业同时实行安全生产许可与煤炭生产许可两种行政许可制度是必要的，两者的目的一致，互为补充。为了使两种行政许可制度有序衔接，《安全生产许可证条例》第七条第二款规定：“煤矿企业应当以矿（井）为单位，在申请领取煤炭生产许可证前，依照本条例的规定取得安全生产许可证”。作为安全生产许可制度与煤炭生产许可制度的衔接性规定，应当注意三个问题：

　　一是将安全条件作为煤矿生产的前置条件，安全生产行政许可是取得煤炭生产许可的前置性许可。依照《矿产资源法》与《煤炭法》的有关规定，煤矿企业取得采矿许可证之后即可进行煤矿建设；煤矿建成投产前经煤炭管理部门验收合格并颁发煤炭生产许可证后，即可正式投产。煤炭生产许可证的许可事项是赋予煤矿从事煤炭生产活动的权利，煤炭生产许可证是煤矿取得生产资格的法定凭证。安全生产许可证的许可事项是赋予煤矿保障安全生产的权利，安全生产许可证是煤矿取得安全资格的法定凭证。两者许可的事项不同，被许可人获得的权利不同。依照《安全生产许可证条例》的规定，煤矿企业进行生产前，必须先取得安全生产许可证，才能取得煤炭生产许可证。对不具备安全生产条件、未依法取得安全生产许可证的煤矿企业，煤炭管理部门不得颁发煤炭生产许可证，不得准其生产。

　　二是明确了安全生产许可证与煤炭生产许可证的发证时序。只对煤矿企业设定了双重行政许可还不够，必须明确两种许可证发证的程序与时间的前后衔接。依照《安全生产许可证条例》第七条第二款的规定，安全生产许可证颁发在先，煤炭生产许可证颁发在后，时序不能颠倒。

　　三是安全生产许可证与煤炭生产许可证的发证对象是一致的。煤炭生产许可证的发证对象既包括具有法人资格的煤矿企业，又包括煤矿企业所属的煤矿和矿井（即一矿一井一证）。煤矿的安全生产条件与生产条件密切相关，必须将两者有机结合，做到两种行政许可制度发证对象的统一。所以，《安全生产许可证条例》第七条第二款规定煤矿企业及其所属矿井作为发证对象，都要依法申请领取安全生产许可证。两种许可证发证对象的一致性，有利于煤矿安全监察机构和煤炭管理部门密切配合，齐抓共管，依法建立稳定的煤炭安全生产秩序。