在污水处理厂内，污水和污泥中含有很多有害的化学物质生物成分，它们直接危害操作人员及直接接触者的健康。
　　
　　1．微有机体
　　
　　员工在污水处理厂暴露于污水和污泥中的微有机体面前，有可能受到如下健康威胁：Ø甲型肝炎病毒→与原污水和初级污泥接触者获得机会较大
　　
　　Ø微螺旋体病毒→泵站及水收集系统工人易感染
　　
　　Ø寄生虫感染→泵站及水收集系统工人易感染
　　
　　Ø其他病毒感染→高度暴露的工人易感染
　　
　　Ø胃肠道疾病→刚参加工作的员工
　　
　　Ø与泥堆积有关→鼻子、耳朵、皮肤异常
　　
　　污水处理设施产生的雾气、水气等都能传播细菌和病毒。感染可能由于直接吸入的气体或间接沾到皮肤或衣服上的水滴感染。曝气池、出水堰、灌溉的喷水口、鼓风机房、脱水机房等都会凝结这种气体。在水气高度凝结的地方，使用薄纱型呼吸器会减少有毒物质的吸入。
　　
　　避免所有的起因是不可能的，良好的个人卫生习惯和健康的免疫保护都会减少细菌和病毒感染的机会。防御细菌和病毒感染最好的办法是具有良好的个人卫生习惯。提高防护效果需依靠科学的环境处理、良好的人个卫生习惯以及正确的操作方法执导：
　　
　　１、手和手指远离鼻子、嘴、眼睛和耳朵。
　　
　　２、清洗工作、处理污水、处理格栅栅渣、排除污泥，或做其他直接接触污水和污泥的操作时都要戴胶皮手套。
　　
　　３、手被划伤、烧伤或皮肤破损时，要戴手套工作。
　　
　　４、吃东西、吸烟和工作完成后，要用热水和香皂彻底洗手。
　　
　　５、指甲要短，要用小刷子洗掉指甲上的异物。
　　
　　６、把干净衣服、上下班更换的衣服与用过的工作服分开放置。
　　
　　７、工作时若受伤应及时上报并接受紧急处理。
　　
　　８、每天工作后淋浴。
　　
　　2．化学物质（气体和化学药品）
　　
　　气体和蒸汽产生于细菌活动、工业释放后溶解到水中的气体及挥发性有机化学物质的蒸发。这些气体如果大量存在，有可能引起燃烧、爆炸、毒性扩散或导致呼吸者生病。特别是空气不流通，缺少大气稀释的特定空间更容易聚集有毒气体。
　　
　　化学药品主要针对污水的化学处理部分。应当遵守一定的操作规则、规章和法令。操作者应具备识别潜在化学有害物及其危害程度的能力。管理者应制定有效的预防措施控制有害物质的释放。大多数化学物质能被安全地存储和处理，人们也知道它们潜在的危害性，采取适当的预防和防护措施是防止有害化学物质危害的有效方法。