由于流通环节食品安全上接生产环节，下联消费环节，涉及面广、情况复杂，既要会同或配合相关部门加强源头治理和跟踪防范，更要强化食品市场各环节的监管执法，经过多年来的食品安全专项整治，虽然总体形势好转，但流通环节食品安全形势依然比较严峻，还存在不少问题和薄弱环节，主要是：一些地方和执法人员对食品安全监管工作的长期性、复杂性、艰巨性认识不足，食品质量和经营秩序不规范问题还存在不少薄弱环节，特别是农村食品安全和无着无证经营食品的问题尤为突出；食品市场监管手段，尤其是质量监测手段和信息化监管网络建设相对滞后；流通环节食品安全长效监管机制和源头治理尚需进一步完善，特别是法制体系建设和落实食品经营者第一责任的任务还十分艰巨等。
一、食品安全监管的艰巨性和长期性是一个永恒的主题通过几年的食品安全专项整治，食品市场秩序多年存在的一些突出问题和薄弱环节已经触及，但仍未得到根本解决，治本的任务仍然繁重。从食品市场违法违章行为发生的特点看，由于受利益机制的驱使，假冒伪劣等不合格食品案件易发多发，变换花样，禁而不止；从市场经济发展的历史进程看，市场行为固有的短期型和盲目性的克服，法制观念的增强和诚信意识的培养，市场体系的培育和完善，法制体系的建立健全等，都决非旦夕之功，不可能一蹴而就，食品安全专项整治将贯穿于整顿和规范市场经济秩序的全过程；从食品安全突发事件来看，不仅仅是中国的国内问题，而是属于全球性的国际问题；从食品自身的安全性能而言，零风险的食品是不存在的。摆在我们面前的是长期而又艰巨的任务，正如吴仪副总理在总局呈报国务院的《关于2006年流通环节食品安全专项整治工作情况的报告》上所作的重要批示：工作抓得不错，望再接再厉。食品安全永远要抓下去，丝毫不能放松。
二、农村食品安全是监管薄弱环节比较突出的地区从目前的食品安全整体情况而言，食品安全监管，最艰巨的任务及最薄弱的环节仍然在农村。从经营主体来看，农村食品市场经营主体点多分散、涉及人员众多面广、监管任务繁多重大。从查处违法行为来看，去年查处的农村食品安全违法案件占全国的90.46%，查处的不合格食品占全国的52.09%，大量的食品违法案件发生在农村。从执法监管人员数量和执法手段来看，农村执法人员很少，农村基层工商所建设滞后，执法手段落后，还停留在眼看、手摸、鼻闻等一些原始手段上。从各地整治情况来看，工作进展还很不平衡，一些农村食品市场还存在诸多问题，无证照生产经营食品，制售有毒有害、假冒伪劣等不合格食品违法行为在一些地方比较突出，损害了农村消费者的身体健康，应将食品安全监管的重点转移到农村。
三、无证无照经营食品的问题亟待全社会关注和治理从食品安全全局来看，流通环节食品安全涉及内容复杂、政策性强，无证无照经营食品的问题成为食品安全专项整治工作不到位的难题。从无证无照经营食品问题来看，无证无照经营食品的经营者大多是下岗职工、失业人员、农民等贫困人员，其经营收入往往是全家唯一的生活来源，具有流动、分散、隐蔽、随意性的特点，有的检查时或关门或逃走，有的取缔后另起炉灶，有的强行取缔时，则会形成“寻求生存权”与“履行职责权”的对抗，极易导致群体事件的发生，成为困扰各地的一个社会难题，应在当地政府的领导下积极主动地实施社会综合治理。
四、经营者自律制度的建立是食品安全监管的治本环节虽然国家有关部门发布了一系列经营者自律行为的规范性文件制度，但仅仅依靠经营者自己落实自律制度是远远不够的，还要高度重视引导教育、社会监督和工商督查等外在措施。我们要认识到，目前对不落实经营者自律制度的行为缺乏具体有力的监督、约束和惩戒机制，经营者自律制度行为的社会监督与控制缺乏相应的法律制度保障。必须努力建立教育、倡导、约束、监督、惩戒相统一的机制，鼓励与规范经营者的诚信经营行为，形成工商积极引导、经营者严格自律、社会密切关注与监督的自律制度建设建设格局。这里的关键是：要让广大经营者通过实施自律制度真正体会到与提高其经济效益是正比关系，这是落实企业经营者自律制度的根本原则，只有这一原则得到体现，才能切实把自律制度扶上自觉自愿自律的绿色通道。