应该说整建制工程这一法律现象在建筑业中是普遍存在的，也是在市场形成初期相关制度不健全、监管措施不规范、不到位的附带产物。随着法律规范的完备和监管措施的落实，整建制工程经营这一与市场经济所倡导的公开、透明、公平、规范和秩序格格不入的怪胎必将最终走入死角。目前，在实务操作中，一般认为有必要结合合同的相对性原理，诚实信用原则，权利义务相统一等民法基本原理，对分析、解决此类问题会有所裨益和帮助。
        2.整建制工程经营诉讼主体之确定
        准确确定诉讼主体，是化解整建制工程经营纷争、切实维护当事人合法权益的前提，也是正确处理整建制工程经营实务的难点所在。根据有关法律法规和司法解释的规定，在涉及整建制工程经营个案处理中的诉讼主体确定时，应按照下列不同情形分别确定。
        （1）在对外负债场合，分为两种情形：
        第一种情形是为工程施工需要以总包单位（或工程项目部）名义对外负债时，诉讼主体当然为总包单位；
        第二种情形是为工程施工需要以整建制队伍（或整建制工程个人）名义对外负债时，根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>若干问题的意见》第43条规定可知，整建制队伍（或整建制工程个人）和总包单位同为诉讼当事人。
        （2）在对内负债场合，则一般应依据“整建制工程协议”进行处理，即“整建制工程协议”的签约当事人为诉讼主体。
         3.整建制工程经营之法律责任
        建筑业整建制工程经营行为虽不被《建筑法》等法律法规所接受，但是，因签署整建制工程协议、实施整建制工程经营行为所产生的民事法律后果，仍应按照《合同法》等相关法律法规和司法解释的规定进行调整、处理，
    整建制工程当事人亦应依法对其行为所造成的法律后果承担民事法律责任。
        （1）如前所述，在项目施工过程中，若整建制队伍以总包单位名义对外负债，显然应由总包单位承担直接的给付责任；若整建制队伍以自己名义对外签订合同而所付债务，整建制队伍与总包单位极有可能成为共同被告而承担连带责任。
        （2）若整建制工程当事人之间所订立的“整建制工程协议”因故被确认为无效，则整建制工程双方应按各自的过错程度分别承担相应的过错责任。
        （3）根据《建筑法》及有关司法解释的规定，若总包单位与建设单位所订立的施工合同无效并给建设单位造成了损失，该总包单位与使用其名义承揽工程的单位或个人对建设单位因此而遭受的损失承担连带赔偿责任。如果建设单位在知情的情况下仍与该被整建制工程的施工企业签订合同，则建设单位也有过错，亦应当承担相应的过错责任。
        （4）施工企业具备相应的资质是承揽工程和签订施工承包合同的法定先决条件。因此，对于建设工程竣工前施工方未取得相应资质的，由于承包合同违法性的瑕疵不能弥补，施工合同应确认为无效，合同的签订各方应承担过错责任。 
        （5）以被整建制工程单位名义与建设单位签订的建设工程施工合同被确认为无效后，工程款如何结算及其所应承担的法律责任取决于工程是否竣工验收合格。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条和第三条规定：建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人可请求参照合同约定支付工程价款。建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。
        从以上分析可以看出，在建筑业的整建制工程经营中，被整建制工程的建筑施工企业承担着巨大的商业风险和司法诉讼风险，有时甚至是赔了信誉还赔钱，实在是得不偿失。同时，由于建筑行业的特殊性，致使有资质的建筑施工企业不一定有能力拿到工程，而能够拿到工程的人往往自己又没有相应资质的建筑公司。于是，有资质的建筑企业与有能力拿到工程的人便通过整建制工程经营形式，并以交纳一定数额管理费来找到双方利益的结合点，从而去实现它们所追求的的“双赢”。因此，建筑业的整建制工程经营在短时间内还会有相当大的市场空间，那么，如何控制、防范这种风险便显得尤为重要。
        五、整建制工程经营行为的内部控制及风险防范
        总体上讲，在目前的法律框架下，我们在实务操作中只能（也是必须）策略性的将整建制工程各方的责、权、利进行合理分配并尽量使其明确、具体，以便在因产生纠纷而不得不寻求法律救济时有据可循，将可能的风险责任降到最低。在实际操作中，重点应从以下几点入手：
        第一，要完善整建制工程经营的方式、明确法律责任。合作前，各方必须将对方的经营环境、负债情况、经济纠纷进行全面了解、分析评价。总包单位对整建制队伍的技术力量、资金实力、管理水平要进行考察评定。整建制队伍要对总包单位的经营状况，资质水平、经济实力进行调查分析，在相互了解，充分信任，责任明确的基础上方可进行合作。
        第二，要加强财务管理，规范内部监管、控制措施。总包单位对整建制队伍在施工过程中的管理，应视同自己的分公司一样，对施工过程的各个环节进行全程监控，从施工组织、材料购进、款项使用、安全措施、工资发放、事故处理等具体环节入手，让监管不留死角，不让整建制工程人有任何可乘之机，以消除整建制工程可能带来的风险隐患。尤其整建制队伍对外签订合同、向外举债等重大事项，都必须经总包单位审核同意后方可进行，并将相关资料存档备查。特别对资金的进出和流向，更要严格把关、控制，尤其是举债资金必须要按照规定的用途和进度监督使用，防止资金的挪用和抽逃，把财务风险降低到最低。
        第三，要统一会计记账标准，规范会计核算，防范税务风险。对整建制工程工程的收支情况，应纳入企业财务统一核算。由总包单位设立总账，整建制队伍设立二级明细账，按总账编制会计报表，统一向税务机关申报纳税，不能以合并会计报表的形式向税务机关申报纳税。对整建制队伍组织施工的工程，应定期进行财务清查。
    第四，总包单位最好还应委派懂施工技术、懂材料采购、懂财务流程的专业人员进驻施工现场，对项目施工情况等适时进行贴身监管。这当然应以不影响正常的施工作业和日常经营管理为限。